Другие изменения произошли в 1990-е гг.: в 1991 г. при содействии Бернара Франка из Коллеж де Франс в одном из флигелей музея была открыта выставка буддийской скульптуры, на которой была представлена оригинальная коллекция Эмиля Гиме, которую он привез из путешествия по Японии.
Последние изменения произошли в 1993 и 1996 гг., когда под руководством архитекторов Анри и Бруно Годен были перестроены помещения и изменено оформление, что позволило поделить экспонаты, представленные на четырех этажах, по географическому принципу с учетом их местонахождения, что облегчило неискушенным посетителям знакомство с материалом. Самая большая и многочисленная коллекция — это коллекция китайского искусства. Она насчитывает более 20 000 экспонатов. В нее входят великолепные изделия из нефрита, керамика эпохи неолита, бронза династий Хань и Чжоу, буддийская скульптура, статуи из захоронений периода Хань и Тан, потрясающая керамика, фарфор бледно-зеленого цвета селадон, не считая мебели из палисандра, покрытой лаком, около сотни живописных работ династий Тан и Цин. Не менее интересен отдел, посвященный искусству Юго-Западной Азии. Там представлена скульптура из Чампы, называемой также «Индийским Вьетнамом», разные культуры, в том числе находки, сделанные в Камбодже, среди которых и знаменитая голова Джаявармана VII в. В залах, посвященных Центральной Азии, находятся единственные в мире буддийские рукописи и предметы, найденные в крупных буддийских центрах, возникших в местах остановок караванов, шедших по Великому шелковому пути.
Фриз наго (змеевидные божества) из храмового комплекса Ангкор-Ват удачно размещен у главной лестнице музея, что соответствует его охранительной функции.
